Programul de educație nonformală al Fundației Agapedia România se desfășoară în cadrul Centrului Educațional Agapedia și urmărește dezvoltarea armonioasă a copiilor din punct de vedere socio-emoțional și cognitiv, precum și formarea abilităților intelectuale, motrice, artistice și de comunicare. Activitățile au loc într-un spațiu educațional adaptat nevoilor copiilor, unde învățarea prin joc stimulează dezvoltarea cognitivă, socială și motrică, încurajând creativitatea, inițiativa și lucrul în echipă.   

Centrul își desfășoară activitatea pe două direcții principale:  
Clubul Micii Exploratori și Programul de educație remedială de tip After-school.

Activitățile din cadrul Centrului Educațional:
- Aventuri în aer liber: drumeții și îngrijirea mediului înconjurător
- Dezvoltarea caracterului: prin activități și provocări ce pun accent pe responsabilitate, munca în echipă și abilități de leadership, toate derulate prin învățare practică
- Învățarea valorilor: dragoste, onestitate, bunătate, compasiune și sprijin pentru ceilalți 
- Suport educațional
- Grupuri de suport pentru părinți și copii
- Educație pentru sănătate 
- Organizarea de activități culturale, recreative și de socializare.